Οι κορωνοϊοί είναι μια μεγάλη οικογένεια RNA ιών που μολύνουν τον άνθρωπο καθώς και μερικά είδη ζώων. Στον άνθρωπο, οι κορωνοϊοί μπορούν να προκαλέσουν ένα εύρος επιπλοκών, από ένα απλό κρυολόγημα μέχρι το οξύ αναπνευστικό σύνδρομο τύπου 2 (SARS).

Ο SARS-CoV-2 είναι ένα νέο στέλεχος του ιού που δεν είχε προηγουμένως εντοπιστεί στον άνθρωπο και πρωτοεμφανίστηκε στην πόλη Γιουχάν της Κίνας τον Νοέμβριο του 2019. Εξαπλώθηκε παγκόσμια σε μικρό χρονικό διάστημα με αποτέλεσμα ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας (WHO) να τον ανακυρήξει ως πανδημία τον Μάρτιο του 2020.

Σύμφωνα με τους επιστήμονες, πρόκειται για μια νέα πολυσυστημικού φάσματος ασθένεια που προκαλεί εκτός από την σημαντική αναπνευστική παθολογία και άλλες εξωπνευμονικές εκδηλώσεις που περιλαμβάνουν επιπλοκές στους νεφρούς, στο ήπαρ, θρομβωτικές, καρδιαγγειακές, ενδοκρινολογικές, γαστρεντορολογικές, νευρολογικές και δερματολογικές επιπλοκές. Αυτό οφείλεται κυριώς στο γεγονός ότι ο υποδοχέας εισόδου του ιού στα κύτταρα εκφράζεται σε πολλούς εξωπνευμονικούς ιστούς με αποτέλεσμα να συμβάλει στην άμεση βλάβη τους αλλά και στην απορρύθμιση των ανοσολογικών αντιδράσεων του οργανισμού.

O ιός μεταδίδεται από άνθρωπο σε άνθρωπο πιθανότατα με τα σταγονίδια σιέλου και βλέννης κατά το βήχα, το φτάρνισμα, τη χειραψία και την από κοινού κατανάλωση φαγητού ή ποτού. Στις περισσότερες περιπτώσεις τα συμπτώματα εμφανίζονται μέσα στις πρώτες 5 ημέρες, ωστόσο η περίοδος επώασης ποικίλλει από 1 έως 14 ημέρες. Ακόμα και οι ασυμπτωματικοί φορείς μπορούν να μεταδίδουν τον ιό. Μια καίρια τακτική πρόληψης για την ανάσχεση της μετάδοσης του κορωνοϊού είναι, ο έγκαιρος εντοπισμός των κρουσμάτων και η απομόνωση τους όπως επίσης και των στενών επαφών τους.

Η διάγνωση γίνεται μέσω του ειδικού τεστ που πραγματοποιείται στο μοριακό τμήμα του εργαστήριου μας με την τεχνική της Real Time Αλυσιδωτής Αντίδρασης Πολυμεράσης (RT-PCR). Η δειγματοληψία γίνεται από εκπαιδευμένους νοσηλευτές σε ειδικά διαμορφωμένο χώρο, στο ισόγειο του χημείου, λαμβάνοντας ρινικό και φαρυγγικό επίχρισμα και στην συνέχεια το δείγμα φυλάσσεται σε ειδικό υλικό μεταφοράς και μεταφέρεται στο μοριακό τμήμα τηρώντας όλους τους κανόνες βιοασφάλειας. Η μέθοδος ξεκινά με την εκχύλιση νουκλεϊκών οξέων από το δείγμα που πραγματοποείται αυτοματοποιημένα στους τέσσερις extractors προηγμένης τεχνολογίας που διαθέτει το εργαστήριο ελαχιστοποιώντας τον παράγοντα του ανθρώπινου λάθους και μεγιστοποιώντας την ευαισθησία της μεθόδου. Στη συνέχεια, ακολουθεί η μέθοδος της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης που γίνεται από εξειδικευμένους μοριακούς βιολόγους του εργαστηρίου χρησιμοποιώντας πολλαπλασιαστές κορυφαίων εταιρειών σε μοριακές εφαρμογές, όπως της εταιρείας QIAGEN και DNA technology.

Χρησιμοποιούνται συγκεκριμένοι εκκινητές για συντηρημένες περιοχές και διπλοεπισημασμένοι ανιχνευτές για την ενίσχυση και την ανίχνευση του RNA του SARS-CoV-2 που εξάγεται από τα βιολογικά δείγματα. Η μέθοδος χρησιμοποιεί τον Taqmanprobe και ανιχνεύει τα γονίδια E (envelope) και N (nucleoprotein) του SARS-CoV-2 και την περιοχή του E-γονιδίου που είναι κοινή για όλους τους SARS-like coronaviruses (SARS-CoV, SARS-CoV-2). Η ανίχνευση δύο διαφορετικών γονιδίων στο γονιδιώμα του SARS-CoV-2 επιτρέπει την ανίχνευση του ιϊκού RNA στο δείγμα ακόμα και στην περίπτωση ύπαρξης μεταλλάξης σε ένα από τα δύο γονίδια του ιού που ελέγχονται, αυξάνοντας την ευαισθησία της μεθόδου ακόμα και αν το ιϊκό φορτίο στο πιθανό κρούσμα είναι ελάχιστο. Το Internal Process Control (IPC), το οποίο προστίθεται κατά τη διάρκεια της εκχύλισης RNA, ανιχνεύεται στην ίδια αντίδραση με έναν σημασμένο ανιχνευτή και επιτρέπει την ανίχνευση αναστολής της RT-PCR από διάφορους παράγοντες. Δρα επίσης ως έλεγχος εξασφαλίζοντας ότι το ιϊκό RNA απομονώθηκε από το βιολογικό δείγμα, αποτρέποντας έτσι τα ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα λόγω ανεπαρκούς ποσότητας γενετικού υλικού ή ακατάλληλης μεταφοράς του δείγματος. Η ανάλυση των αποτελεσμάτων γίνεται από το εξειδικευμένο και έμπειρο προσωπικό αυξάνοντας έτσι την αξιοπιστία των αποτελεσμάτων που δίνονται στους υποψηφίους προς εξέταση και συμβάλλει στην προστασία του γενικού πληθυσμού από πιθανά κρούσματα με χαμηλό ιϊκό φορτίο που ίσως καθίστανται μη ανίχνευσιμα με λιγότερο αξιόπιστες μεθόδους, μειώνοντας έτσι την διασπορά του ιού στην κοινότητα.

Το ήθος, ο επαγγελματισμός και η προηγμένη τεχνολογία του μοριακού τμήματος, μας καθιστούν στην πρώτη γραμμή της προσπάθειας αναχαίτισης της πανδημίας στο νησί μας.